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Résumé

L’objectif innovant de cette étude est d’examiner la variation du microbiote intestinal en fonction des ressources présentes dans le milieu et de voir si le stress interfère dans cette relation chez le
 chevreuil sauvage (Capreolus capreolus). Nous avons mesuré le niveau de cortisol et caractérisé le
 microbiote intestinal de chaque individu à partir de matières fécales. La composition globale du
 microbiote intestinal chez le chevreuil répondait de manière significative à l’habitat, donc à la ration
 alimentaire, et au stress. Par exemple, l’abondance en glands est positivement corrélée à
 l’abondance relative des bactéries Muribaculaceae et négativement corrélée à l’abondance relative
 des UCG-011. De plus, le stress a induit des changements prononcés dans la structure du microbiote
 intestinal sachant l’habitat. En particulier, nous avons identifié un déclin des bactéries bénéfiques
 Firmicutes et une augmentation des Bacteroidota chez les animaux stressés majoritairement
 présents en prairie. Une tendance inverse a été observée pour chacun de ces phyla chez les individus
 présents majoritairement en cultures. Enfin, le stress joue un rôle dans la plasticité phénotypique,
 avec les chevreuils qui adaptent leur comportement spatial afin de limiter leur exposition aux
 facteurs de stress. Cette adaptation est possible grâce à la modulation du microbiote intestinal.
 

Mots-clés : Microbiote intestinal, environnement, régime alimentaire, cortisol basal, axe intestincerveau, Capreolus capreolus
 

Summary
 The innovative objective of this study is to examine the variation in gut microbiota as a function of
 environmental resources and to see if stress interferes with this relationship in wild deer (Capreolus
 capreolus). We measured cortisol levels and characterized the gut microbiota of each individual
 from fecal material. The overall composition of the gut microbiota in deer was significantly
 responsive to habitat, and thus diet, and stress. For example, acorn abundance was positively
 correlated with the relative abundance of Muribaculaceae bacteria and negatively correlated with
 the relative abundance of UCG-011. In addition, stress induced pronounced changes in the structure
 of the gut microbiota knowing the habitat. In particular, we identified a decline in beneficial
 Firmicutes bacteria and an increase in Bacteroidota in stressed animals predominantly present in
 grasslands. An opposite trend was observed for each of these phyla in individuals present mostly in
 crops. Finally, stress plays a role in phenotypic plasticity, with deer adapting their spatial behavior
 to limit their exposure to stressors. This adaptation is possible through modulation of the gut
microbiota.

Key words : Gut microbiota, environnement, diet, baseline cortisol, brain-gut axis, Capreolus
capreolus