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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes - LIPM

Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes

Activités

Notre objectif principal est de fournir à nos collaborateurs, aussi bien dans le laboratoire que dans d'autres laboratoires INRA ou CNRS, des outils bioinformatiques permettant une exploitation efficace et rapide des données moléculaires.

L'activité de l'équipe est organisée en trois parties focalisées sur l'analyse des séquences et qui sont i) l'annotation des génomes pour interpréter les données de séquences ii) la génomique comparative pour transférer les connaissances entre espèces iii) les portails intégratifs pour intégrer les ressources bioinformatiques afin de fournir aux biologistes des interfaces utilisateurs unifiées.

Annotation des génomes

Ces dernières années nous avons continué de développer aussi bien nos outils que nos compétences dans le domaine de l'annotation structurale des génomes (projets EuGène  FrameD/FrameDP) et dans celui de l'annotation fonctionnelle (projet iANT). Plus récemment nous avons initié le développement d'une plateforme d'annotation pour gérer la détection et l'annotation des ncRNAs et des smallRNAs (LeARN/smallA projects).

Collaboration: Thomas Schiex (Unité de Biométrie et d'Intelligence Artificielle - INRA Toulouse)

Génomique comparative

Comme l'une des clés pour analyser un génome est la comparaison avec d'autres génomes, l'analyse génome par génome est insuffisante. C'est sur la base de ce constat, qu'il y a plus de cinq ans, nous avons initié le développement de la plateforme de génomique comparative NARCISSE. Désormais NARCISSE fournit aux utilisateurs des comparaisons de génomes systématiques selon de nombreuses représentations (dotplot, circos, karyotype, comparative maps).

Collaboration: Thomas Faraut (Laboratoire de Génétique Cellulaire - INRA Toulouse)

Portails intégratifs

L'intégration des données hétérogènes et produites à haut-débit représente un défi qu'il est indispensable de relever pour exploiter les investissements consentis par les laboratoires à travers le monde. Notre objectif est donc de fournir les solutions informatiques pour assurer l'intéropérabilité des ressources bioinformatiques nécessaires à la gestion et à l'interprétation de ces données. Plusieurs portails thématiques ont été développés (e.g: LEGOO pour les légumineuses et HELIAGENE le tournesol). Les portails sont basés sur le protocole  BioMoby permettant aussi bien l'intéropérabilité entre les différentes ressources que la mise à disposition de la communauté de nos données et de nos outils d'analyses.