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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes - LIPM

Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes

Membres - Fonctions symbiotiques, génome et évolution des rhizobia

Dr. Delphine Capela, HDR, CRCN CNRS, responsable

Delphine CAPELA

Pendant sa thèse, Delphine Capela a apporté une contribution majeure au séquençage et à l’annotation experte du génome du rhizobium modèle Sinorhizobium meliloti. Suite à son recrutement au CNRS dans le groupe de Jacques Batut en 2002, elle a continué à travailler sur la post-génomique de S. meliloti en analysant le transcriptome de S. meliloti au cours du processus symbiotique ainsi que dans différentes conditions de vie libre de la bactérie. Les microarrays étaient à ce moment-là l’outil de prédilection pour étudier les transcriptomes bactériens. Plus récemment, en collaboration avec d’autres groupes du laboratoire, Delphine Capela revisite le transcriptome de S. meliloti en symbiose avec Medicago truncatula en utilisant le séquençage haut débit des ARNs.

En 2008, les principaux travaux de recherche de Delphine Capela se sont tournés vers le projet d’évolution expérimentale du groupe qui vise à convertir une bactérie non symbiotique Ralstonia solanacearum en symbiote de légumineuse. Dans ce projet, son travail porte plus particulièrement sur la production des populations et des clones évolués ainsi que sur l’identification des mutations adaptatives impliquées dans l’activation et l’amélioration des propriétés symbiotiques des souches évoluées expérimentalement.

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Dr. Catherine Masson-Boivin, HDR, DR1 INRAE

Catherine Masson

Catherine est ancienne élève de l’école Normale Supérieure de Saint-Cloud-Fontenay-aux-Roses. Elle a fait sa thèse de doctorat au LIPM dans l’équipe de J. Dénarié, sur les bases génétiques du catabolisme de composés végétaux chez Sinorhizobium meliloti. Elle a été recrutée comme chercheur à l’IRD (Institut de Recherche pour le Développement) et a passé 7 années à Dakar au Sénégal, où elle a réalisé des études d’association entre facteurs Nod, gènes nod et taxonomie des rhizobia. Catherine est ensuite revenue en France à Montpellier (LSTM), où elle a mis en évidence l’existence de rhizobia phylogénétiquement très atypiques appartenant aux beta-protéobactéries (appelées maintenant beta-rhizobia). Catherine a rejoint le LIPM en 2003 en tant que directeur de recherche INRA, où elle a monté son propre groupe de recherche qu’elle a co-dirigé pendant quelques années maintenant avec Jacques Batut. Elle a sélectionné Cupriavidus taiwanensis comme beta-rhizobium modèle et a séquencé son génome complet en collaboration avec le Génoscope. Plus récemment, Catherine a lancé une expérience d’évolution en temps réel avec comme objectif d’évoluer une bactérie non symbiotique, le pathogène de plante Ralstonia solanacearum, en symbiote de légumineuse.

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Dr. Philippe Remigi, CRCN CNRS

Philippe Remigi

Philippe a réalisé sa thèse au LIPM sous la direction de N. Peeters (équipe S. Genin) sur la caractérisation fonctionnelle et évolutive d’une famille d’effecteurs de type III chez la bactérie Ralstonia solanacearum. Il a ensuite rejoint l’équipe de C. Masson-Boivin pour réaliser un premier post-doctorat pendant lequel il a caractérisé le phénomène d’hypermutabilité transitoire lors de l’évolution expérimentale de R. solanacearum en symbiote de Mimosa pudica. Puis, il a réalisé un deuxième post-doctorat dans l’équipe de P. Rainey (Massey University, Auckland, Nouvelle-Zélande) lors duquel il s'est intéressé à l’évolution expérimentale d’un switch phénotypique et de la multicellularité chez la bactérie Pseudomonas fluorescens. Philippe a été recruté comme chargé de recherche dans l'équipe de C. Masson-Boivin-D. Capela en 2019 pour étudier les réponses transcriptionnelles de Mimosa pudica aux clones bactériens évolués, et la dynamique évolutive des populations bactériennes au cours de l’évolution expérimentale de R. solanacearum en symbiote de légumineuse.

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Saïda Mouffok, IE INRAE

Saïda est titulaire d’une thèse de doctorat en génétique moléculaire obtenue en 2014 au LBME à Toulouse. Saïda apporte son expertise en biochimie des protéines au projet AOI (autorégulation de l’infection) : Etiquetage de protéines par génie génétique (histidine, Strep-tag …), purification de protéines natives et  étiquetées d’origine bactérienne ou végétale, préparation d’échantillons pour l’analyse en spectrométrie de masse, recherche d’interactants protéiques (pull-down, deux hybrides bactérien).

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Anne-Claire Cazalé-Noël, IR INRAE

Anne-Claire Cazalé-Noël, IR INRAE

Anne-Claire a étudié la signalisation (production d’oxygène activé et protéines kinases) en plante en réponse au stress abiotique pendant sa thèse à l’ISV, au CNRS de Gif-sur-Yvette (France) et pendant un post-doc au MPIZ de Cologne (Allemagne). Elle a analysé la tolérance aux métaux lourds pendant deux post-docs au Leibniz-IPB, à Halle/Saale (Allemagne) et au CEA de Cadarache (France). Elle a rejoint le LIPM en 2007 pour contribuer à la caractérisation de la fonction des effecteurs de type III de Ralstonia solanacearum dans l’équipe de Stéphane Genin. De 2015 à 2020, elle a travaillé dans l’équipe de Claude Bruand pour participer à l’élucidation des rôles du monoxyde d'azote (NO) dans l’interaction symbiotique Medicago truncatula-Sinorhizobium meliloti, et en particulier elle a recherché les modifications post-traductionnelles de protéines médiées par le NO. Depuis 2020, Anne-Claire a rejoint l’équipe de Delphine Capela pour étudier les réponses transcriptomiques de la légumineuse Mimosa pudica à l’adaptation progressive de symbiotes évolués expérimentalement.

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Ginaini Grazielli Doin de Moura, doctorante

Ginaini Grazielli Doin de Moura

Ginaini Grazielli Doin de Moura est titulaire d’un Master en microbiologie agricole de l’Université Fédérale de Lavras au Brésil. Son travail de Master a porté sur la sélection et la caractérisation de bactéries promotrices de croissance sur le fraisier. En 2019, elle a obtenu une bourse au concours de l’école doctorale SEVAB pour réaliser une thèse sous la co-direction de D. Capela et P. Remigi au LIPM. Son projet de recherche est l’analyse des bases génétiques de l’adaptation bactérienne au cours de l’évolution expérimentale d’un pathogène de plante en symbiotes de la légumineuse Mimosa pudica.

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Lukas Brichet, CDD AI

Lukas Brichet

Titulaire d'un Master 2 en Biologie Végétale de l'université de Toulouse III, Lukas a intégré fin 2017 l'équipe de Catherine Masson-Boivin au LIPM pour un CDD d'Assistant Ingénieur. Son travail consiste à développer des techniques de biologie moléculaire afin de réaliser des analyses génomiques et transcriptomiques. En parallèle, il développe une méthode de transformation génétique de Mimosa pudica par Agrobacterium rhizogenes.

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