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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes - LIPM

Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes

Membres - Fonctions symbiotiques, génome et évolution des rhizobia

Dr. Delphine Capela, HDR, CRCN CNRS, responsable

Delphine CAPELA

Pendant sa thèse, Delphine Capela a apporté une contribution majeure au séquençage et à l’annotation experte du génome du rhizobium modèle Sinorhizobium meliloti. Suite à son recrutement au CNRS dans le groupe de Jacques Batut en 2002, elle a continué à travailler sur la post-génomique de S. meliloti en analysant le transcriptome de S. meliloti au cours du processus symbiotique ainsi que dans différentes conditions de vie libre de la bactérie. Les microarrays étaient à ce moment-là l’outil de prédilection pour étudier les transcriptomes bactériens. Plus récemment, en collaboration avec d’autres groupes du laboratoire, Delphine Capela revisite le transcriptome de S. meliloti en symbiose avec Medicago truncatula en utilisant le séquençage haut débit des ARNs.

En 2008, les principaux travaux de recherche de Delphine Capela se sont tournés vers le projet d’évolution expérimentale du groupe qui vise à convertir une bactérie non symbiotique Ralstonia solanacearum en symbiote de légumineuse. Dans ce projet, son travail porte plus particulièrement sur la production des populations et des clones évolués ainsi que sur l’identification des mutations adaptatives impliquées dans l’activation et l’amélioration des propriétés symbiotiques des souches évoluées expérimentalement.

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Dr. Catherine Masson-Boivin, HDR, DR1 INRA

Catherine Masson

Catherine est ancienne élève de l’école Normale Supérieure de Saint-Cloud-Fontenay-aux-Roses. Elle a fait sa thèse de doctorat au LIPM dans l’équipe de J. Dénarié, sur les bases génétiques du catabolisme de composés végétaux chez Sinorhizobium meliloti. Elle a été recrutée comme chercheur à l’IRD (Institut de Recherche pour le Développement) et a passé 7 années à Dakar au Sénégal, où elle a réalisé des études d’association entre facteurs Nod, gènes nod et taxonomie des rhizobia. Catherine est ensuite revenue en France à Montpellier (LSTM), où elle a mis en évidence l’existence de rhizobia phylogénétiquement très atypiques appartenant aux beta-protéobactéries (appelées maintenant beta-rhizobia). Catherine a rejoint le LIPM en 2003 en tant que directeur de recherche INRA, où elle a monté son propre groupe de recherche qu’elle a co-dirigé pendant quelques années maintenant avec Jacques Batut. Elle a sélectionné Cupriavidus taiwanensis comme beta-rhizobium modèle et a séquencé son génome complet en collaboration avec le Génoscope. Plus récemment, Catherine a lancé une expérience d’évolution en temps réel avec comme objectif d’évoluer une bactérie non symbiotique, le pathogène de plante Ralstonia solanacearum, en symbiote de légumineuse.

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Dr. Jacques Batut, HDR, DR1 INRA

Jacques BATUT

Jacques a obtenu une thèse en Microbiologie à l’université Paul Sabatier à Toulouse en 1984. Il a ensuite été recruté à l’INRA pour travailler sur le symbiote de Medicago, Sinorhizobium meliloti, tout d’abord sur la régulation de l’expression des gènes de fixation d’azote et plus récemment, sur le contrôle génétique  de l’infection de la plante-hôte. Il a contribué, en collaboration avec de nombreux collègues à Toulouse et à l’étranger, à l’identification de l’un des premiers systèmes de régulation à deux composants (le système FixLJ de S. meliloti), au séquençage du génome de S. meliloti, l’un des premiers génomes séquencés à l’époque, et au développement d’outils transcriptomiques pour cette bactérie. Plus récemment, Jacques s’est intéressé à la signalisation par les nucléotides cycliques et son rôle dans la symbiose et, avec Catherine Masson-Boivin, à l’évolution des propriétés symbiotiques chez les rhizobia. Jacques a passé une année sabbatique à l’Université de Californie-Berkeley dans le laboratoire du prof. S. Kustu (1989-1990) sur la manipulation in vitro des systèmes régulateurs à deux composants.

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Dr. Marta Marchetti, HDR, CRCN INRA

Marta MARCHETTI

Marta a effectué sa thèse de doctorat à l'Université de Padoue sur le développement d'un modèle animal d'infection du pathogène humain Helicobacter pylores et s’est particulièrement intéressée aux mécanismes moléculaires et à la réponse de l’hôte à l'infection. Elle a ensuite obtenu une bourse Marie Curie pour étudier l’interaction entre Shigella et les cellules de l’intestin à l’Institut Pasteur dans l’équipe d’Eric Pringault. Elle a analysé les mécanismes responsables de la différentiation cellulaire dans le syndrome humain de Barett par des approches de biologie cellulaire. Elle a rejoint ensuite le groupe de Ludger Johannes à l’Institut Curie à Paris, où elle a démarré un projet sur la dynamique du trafic vésiculaire et membranaire chez les cellules eucaryotes après internalisation IFNa et IFNg. En 2005, Marta a rejoint le groupe de Catherine Masson-Boivin comme chercheur INRA, et s’est impliquée dans le projet d’évolution expérimentale de R. solanacearum en symbiote de légumineuse. Elle caractérise les clones évolués en combinant des approches de génétique moléculaire et de biologie cellulaire.

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Philippe Remigi, CRCN, CNRS

Philippe Remigi

Philippe a réalisé sa thèse au LIPM sous la direction de N. Peeters (équipe S. Genin) sur la caractérisation fonctionnelle et évolutive d’une famille d’effecteurs de type III chez la bactérie Ralstonia solanacearum. Il a ensuite rejoint l’équipe de C. Masson-Boivin pour réaliser un premier post-doctorat pendant lequel il a caractérisé le phénomène d’hypermutabilité transitoire lors de l’évolution expérimentale de R. solanacearum en symbiote de Mimosa pudica. Puis, il a réalisé un deuxième post-doctorat dans l’équipe de P. Rainey (Massey University, Auckland, Nouvelle-Zélande) lors duquel il s'est intéressé à l’évolution expérimentale d’un switch phénotypique et de la multicellularité chez la bactérie Pseudomonas fluorescens. Philippe a été recruté comme chargé de recherche dans l'équipe de C. Masson-Boivin-D. Capela en 2019 pour étudier les réponses transcriptionnelles de Mimosa pudica aux clones bactériens évolués, et la dynamique évolutive des populations bactériennes au cours de l’évolution expérimentale de R. solanacearum en symbiote de légumineuse.

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Saïda Mouffok, IE INRA

Saïda est titulaire d’une thèse de doctorat en génétique moléculaire obtenue en 2014 au LBME à Toulouse. Saïda apporte son expertise en biochimie des protéines au projet AOI (autorégulation de l’infection) : Etiquetage de protéines par génie génétique (histidine, Strep-tag …), purification de protéines natives et  étiquetées d’origine bactérienne ou végétale, préparation d’échantillons pour l’analyse en spectrométrie de masse, recherche d’interactants protéiques (pull-down, deux hybrides bactérien).

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Ginaini Grazielli Doin de Moura, doctorante

Ginaini Grazielli Doin de Moura

Ginaini Grazielli Doin de Moura est titulaire d’un Master en microbiologie agricole de l’Université Fédérale de Lavras au Brésil. Son travail de Master a porté sur la sélection et la caractérisation de bactéries promotrices de croissance sur le fraisier. En 2019, elle a obtenu une bourse au concours de l’école doctorale SEVAB pour réaliser une thèse sous la co-direction de D. Capela et P. Remigi au LIPM. Son projet de recherche est l’analyse des bases génétiques de l’adaptation bactérienne au cours de l’évolution expérimentale d’un pathogène de plante en symbiotes de la légumineuse Mimosa pudica.

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Lukas Brichet, CDD AI

Lukas Brichet

Titulaire d'un Master 2 en Biologie Végétale de l'université de Toulouse III, Lukas a intégré fin 2017 l'équipe de Catherine Masson-Boivin au LIPM pour un CDD d'Assistant Ingénieur. Son travail consiste à développer des techniques de biologie moléculaire afin de réaliser des analyses génomiques et transcriptomiques. En parallèle, il développe une méthode de transformation génétique de Mimosa pudica par Agrobacterium rhizogenes.

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