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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes - LIPM

Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes

Membres - Génomique écologique de l’adaptation dans les communautés végétales

Fabrice Roux, DR CNRS

Fabrice Roux

Fabrice Roux a obtenu son doctorat en 2004 sur la gestion et prévention de la résistance aux herbicides en utilisant Arabidopsis thaliana comme modèle expérimental (sous la direction de Xavier Reboud, Laboratoire Biologie et Gestion des Adventices, INRA Dijon). Après sa thèse, il a été ATER pendant un an au laboratoire Génétique et Evolution des Populations Végétales (GEPV, Université de Lille 1) et a travaillé sur l’évolution de la précocité de floraison chez les plantes. Il a ensuite passé une (trop courte) année dans le laboratoire de Joy Bergelson (University of Chicago) où il s’est intéressé à l’identification des bases génétiques de la résistance quantitative chez le pathosystème A. thaliana–Pseudomonas viridiflava. Recruté en tant que chercheur CNRS en 2006 au sein du GEPV (Université de Lille 1), il a développé son propre de thème de recherche portant sur la génomique écologique de l’adaptation chez A. thaliana, avant de codiriger en 2012 le thème de recherche ‘Changements globaux : de la génomique écologique à l’écologie des communautés’. Fabrice s’est principalement intéressé (i) à l’identification des bases génétiques de traits adaptatifs complexes avec la volonté de replacer A. thaliana dans un contexte écologiquement réaliste, et (ii) à étudier l’adaptation à différentes échelles spatiales et temporelles. Depuis juillet 2013, Fabrice a intégré le LIPM dans le cadre d’une chaire junior du Labex TULIP (Toulouse) et a mis en place un projet sur la génomique écologique des interactions organisme – organisme. Il s’intéresse notamment à l’identification des bases génétiques sous-jacentes à la co-évolution plante – pathogène et plante – plante.

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Fabienne Vailleau, Maître de Conférences INP-ENSAT

Fabienne Vailleau

Fabienne Vailleau a obtenu son Doctorat en 2003 à l’Université de Toulouse, thèse réalisée au LIPM dans le groupe de Dominique Roby, sur le pathosystème Arabidopsis thaliana/Xanthomonas campestris pv. campestris. Elle a ensuite été Attachée Temporaire à l’Enseignement et à la Recherche à l’INP-ENSAT, où elle a développé le pathosystème Medicago truncatula/Ralstonia solanacearum.  Puis, elle a été recrutée dans le groupe de Michel Petitprez à l’INP-ENSAT en tant que Maître de Conférences, où elle a poursuivi ses recherches dans le domaine des interactions Plantes-Bactéries, en donnant en parallèle des enseignements à l’INP-ENSAT en Phytopathologie et Malherbologie. Elle a notamment été responsable de la spécialisation de 3ème année AgroBioSciences Végétales sur la période 2008-2015. En 2008, Fabienne a rejoint le LIPM pour poursuivre ses recherches dans le groupe de Stéphane Genin et Christian Boucher. Ses travaux ont porté sur l’étude des mécanismes post-traductionnels requis pour la mise en place du pouvoir pathogène chez la bactérie R. solanacearum. Après avoir soutenu son HDR en 2016, Fabienne a orienté ses travaux sur la recherche de protéines végétales ciblées et manipulées par des effecteurs de R. solanaceraum, notamment par des approches de génétique d’association. En 2020, elle a rejoint l’équipe de Fabrice Roux, pour poursuivre ses travaux et les intégrer dans une thématique plus globale visant à caractériser et comprendre le dialogue moléculaire entre la plante et son cortège bactérien. Dans ce contexte, elle développe une thématique de l’équipe ECOGEN sur les interactions plante-microbiote-pathobiote.

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Mathieu Hanemian, chercheur INRAE

Mathieu Hanemian

Mathieu Hanemian a été formé à la biologie moléculaire au cours de sa thèse au LIPM (supervision Yves Marco) qui a porté sur les mécanismes de sensibilité chez la plante modèle Arabidopsis thaliana en réponse à la bactérie Ralstonia solanacearum. Il a ensuite effectué un 1er postdoc dans l’équipe d’Olivier Loudet à l’INRA de Versailles, où il a utilisé des approches de génétique quantitative combinées avec du phénotypage à haut débit pour identifier les bases génétiques et moléculaires de la croissance végétative chez A. thaliana. L’utilisation de la variabilité naturelle a attisé son intérêt pour les causes écologiques de l’adaptation des plantes et la biologie de l’évolution. Pendant son 2e postdoc chez Cris Kuhlemeier à l’Université de Berne, il a étudié l’influence des pollinisateurs sur la spéciation du Pétunia, en combinant des approches de génétique quantitative, de génomique et de biologie moléculaire. il travaille en tant que chercheur INRAE depuis octobre 2019 sur la caractérisation des mécanismes moléculaires impliqués dans les interactions entre plantes.

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Baptiste Mayjonade, IE INRAE

Baptiste Mayjonade

Baptiste a obtenu un Master Professionnel en Biotechnologie à l’Université de Limoges. Il a ensuite travaillé au laboratoire de marquage moléculaire de Limagrain Europe à Chappes où il développait des marqueurs moléculaires sur plusieurs espèces de grandes cultures dans le cadre de projets de sélection assistée par marqueurs. Il a rejoint le LIPM en 2012, pour travailler sur la génétique et la génomique des réponses aux stress biotiques et abiotiques du Tournesol. Il était en charge de projets de transcriptomiques, génomiques et de développements méthodologiques. Depuis Septembre 2015, il a intégré l’équipe de Fabrice Roux dans laquelle il est impliqué dans la caractérisation, au niveau phénotypique et génomiques, des communautés végétales et microbiennes.

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Chrystel Gibelin-Viala, IE INRAE

Chrystel Gibelin

Chrystel Gibelin-Viala a été recrutée à l’INRA Poitou-Charentes en 2000. Elle a travaillé au laboratoire de Biologie Moléculaire de l’URP3F, unité qui travaille sur le fonctionnement des peuplements fourragers pérennes dans les prairies. Elle a rejoint le LIPM en 2009 au sein du groupe de Clare Gough et Julie Cullimore, où elle a étudié la mycorrhization à arbuscules à partir de mutants potentiels de mycorrhization. Elle a également travaillé sur les nouvelles approches génétiques pour analyser le contrôle du spectre d’hôte dans la symbiose rhizobium-légumineuses. Depuis janvier 2020, elle a intégré l’équipe de Fabrice Roux, ECOGEN (Ecological genomics of adaptation in plant communities). Sa principale mission s’inscrit dans la thématique des interactions plante-microbiote-pathobiote de l’équipe. L’un de ses principaux objectifs est de contribuer à la caractérisation et compréhension du dialogue moléculaire entre Arabidopsis thaliana et son cortège bactérien. Chrystel a des compétences en biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR, génotypage), microscopie, biologie des plantes (suivi des plantes, mise en place d’expérimentations, phénotypage), microbiologie.

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Rémy Zamar, CDD technicien

Rémy Zamar

Après avoir effectué un BEP en production horticole (Pépinière), Rémy Zamar a réalisé un BAC Pro Travaux Paysagers. Recruté en tant que technicien pour une période de 16 mois, Rémy mettra à profit ses multiples compétences en horticulture sur le projet OPTIMA, visant à tester l'adaptation locale au climat, au sol et au microbiote chez Arabidopsis thaliana.

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Choghag Demirjian, Doctorante

Choghag Demirjian

Choghag Demirjian a obtenu son master spécialisé en production végétale à l'Université libanaise en 2016. Elle a effectué son stage de master au « Center for Agricultural Research in the Dry Areas » (ICARDA), où elle a travaillé sur l'identification des QTL de tolérance à la sécheresse dans le blé cultivé. Choghag a rejoint le LIPM en tant que doctorante en janvier 2019, sous la co-direction de Fabienne Vailleau et Richard Berthomé sur le projet intitulé «Deciphering Arabidopsis thaliana responses to Ralstonia solanacearum virulence factors through the study of plant natural variation». Le but de son doctorat est d’étudier des effecteurs de type III intéressants de Ralstonia solanacearum et de caractériser leur rôle dans la réponse des plantes en utilisant la variation naturelle des plantes.

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Daniela Ramirez, Doctorante

Daniela Ramirez

Daniela a obtenu un baccalauréat en génie biotechnologique en 2013, puis elle a obtenu son diplôme de master en génétique et biologie moléculaire au « center for research and advanced studies » (Cinvestav) à Mexico en 2016, où elle a étudié la fonctionnalité du microbiote du côlon distal de la population mexicaine. En 2017, elle a travaillé dans une entreprise de développement de produits pharmaceutiques au Mexique en tant que coordinatrice des essais cliniques. Elle a rejoint le LIPM en octobre 2019 pour débuter sa thèse sous la direction de Fabrice Roux et Fabienne Vailleau visant à établir une carte génomique de l'adaptation locale aux espèces de bactéries foliaires bénéfiques chez Arabidopsis thaliana.

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Nargess Razavi, Doctorante

Narges Razavi

Nargess Razavi a obtenu son diplôme d'ingénieur agronome de l'INP-ENSAT (École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse) spécialisation « Agrobiosciences Végétales » en 2017. Dans le cadre de ce diplôme elle a effectué son stage de fin d'étude dans l'équipe de Stéphane Genin sous l'encadrement de Fabienne Vailleau. Son stage a porté sur l’analyse du mutant hpaP de Ralstonia solanacearum face à la diversité naturelle d’Arabidopsis thaliana. Nargess a ensuite continué ses recherches dans le cadre d’une thèse avec un financement INRA-SPE/Région Occitanie Toulouse sur le sujet : « Réponses d'Arabidopsis thaliana aux facteurs de virulence de Ralstonia solanacearum via l'étude de la diversité naturelle des deux partenaires », sous la co-direction de Fabienne Vailleau et Richard Berthomé.

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