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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes - LIPM

Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes

Membres - Infection endosymbiotique et développement nodulaire

Dr. Fernanda de Carvalho-Niebel, DR2 CNRS, co-responsable de groupe

Fernanda DE CARVALHO-NIEBEL

Fernanda a réalisé sa thèse de doctorat au laboratoire de Génétique à l’université de Gand en Belgique sous la direction de Dirk Inzé et Marc Van Montagu. Son travaille de thèse a porté sur l’étude de la régulation et de la fonction d’un gène codant pour une ß-1,3-glucanase de la famille des protéines PR («  Pathogenesis-Related »). Au cours de son travail de thèse elle a aussi découvert et caractérisé un nouveau phénomène d’inactivation génique de type PTGS (pour Post-Transcriptional Gene Silencing) chez les plantes conduisant à une co-supression dose-dépendante de gènes homologues. En tant que boursier post-doctorale EMBO et CE, elle a rejoint le groupe de Pascal Gamas/Julie Cullimore au LIPM et a travaillé sur l’identification et la caractérisation de nouveaux gènes de noduline précoce de la légumineuse modèle Medicago truncatula, et en particulier un gène codant pour une protéine de liaison au calcium annexine induit par les facteurs Nod de Rhizobium. Cette étude a été poursuivie dans le groupe de David Barker au LIPM après son recrutement au CNRS. Depuis 2002, le travail de recherche de Fernanda a été focalisé sur l’étude des mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation d’expression de gènes symbiotiques de M. truncatula, qui l’a mené à identifier des composants de la voie de signalisation facteurs Nod directement impliqués dans la régulation d’expression génique chez la plante hôte. Sa recherche actuelle porte sur la caractérisation d’un groupe de facteurs de transcription nommés ERN intervenant directement dans la régulation facteurs Nod dépendante de l’expression de gènes de la plante hôte. Fernanda dirige maintenant le groupe 'Infection endosymbiotique et développement nodulaire' (ENOD) avec Andreas Niebel.

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Dr. Andreas Niebel, DR2 CNRS, co-responsable de groupe

Andreas NIEBEL

Andreas  a obtenu son PhD à l’ Université de GAND (Belgique) en 1994 dans le  Laboratoire de Marc van Montagu sous la direction de Dirk Inzé et Godelieve Gheysen. Au cours de son travail de thèse, il a notamment identifié et caractérisé des gènes de plante tels que le régulateur du cycle cellulaire cdc2a, exprimés dans les cellules géantes induites dans les racines de plantes par des nématodes endoparasitaires. Il est ensuite parti à Toulouse au LIPM afin de travailler sur la symbiose Rhizobium –Légumineuses, grâce à une bourse post-doctorale de l’EMBO puis comme chargé de recherche du CNRS. Andreas a d’abord travaillé sur la perception des facteurs Nod par des approches biochimiques et moléculaires dans le groupe de Julie Cullimore. En 2000, il a alors rejoint le groupe de Pascal Gamas/David Barker ou il a contribué à l’étude du transcriptome symbiotique de Medicago truncatula, notamment  pendant les étapes précoces de l’interaction avec la bactérie Sinorhizobium meliloti.  Andreas  s’intéresse en particulier à un groupe de facteurs de transcription appartenant  à la famille des CCAAT-box binding factor, également appellée HAP (Heme activating protein) qui apparaissent comme des régulateurs clés de l’infection rhizobienne du développement nodulaire et peut être de la transduction du signal facteur Nod. Andreas s’intéresse de plus à l’étude du microtranscriptome symbiotique et étudie en particulier plusieurs microRNAs qui contrôlent la signalisation symbiotique et/ou le développement nodulaire. Andreas est co-responsable du groupe 'Infection endosymbiotique et développement nodulaire' (ENOD) avec Fernanda de Carvalho-Niebel.

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Dr. David Barker, DR2 INRA

David BARKER

David a obtenu son doctorat à l’Imperial College de Londres, sur l’étude de la structure et de la fonction des aminoacyl-tARN synthétases, composants-clés de la synthèse des protéines. Il a ensuite bénéficié d’une bourse EMBO pour poursuivre ces travaux à l’Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire de Strasbourg (CNRS). David a par la suite obtenu un poste de jeune chercheur (4 ans) au National Institute of Medical Research à Londres pour étudier la régulation de DNA ligases au cours du cycle cellulaire chez la levure. Après un post-doc d’un an au LIPM, David a été recruté à l’INRA (1987) avec pour projet l’identification de nouveaux gènes végétaux exprimés pendant les étapes précoces de la symbiose racinaire entre les légumineuses et les rhizobia fixatrices d’azote.  Durant cette période, David a aussi contribué, avec d’autres collègues au LIPM, à établir Medicago truncatula comme légumineuse modèle, ainsi qu’au développement d’études parallèles sur l’importante symbiose mycorhizienne à arbuscules. Les principaux centres d’intérêt de David concernent la compréhension des mécanismes moléculaires et cellulaires liés à la signalisation entre plante et microbe endosymbiotique et aux processus originaux d’infection intracellulaire qui caractérisent ces associations.

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Dr. Pascal Gamas, DR1 CNRS

Pascal GAMAS

Les sept premières années de la carrière scientifique de Pascal ont été consacrées à l’étude des éléments transposables bactériens. Sa thèse a porté sur la séquence d’insertion IS1 (équipe de Michael Chandler, Université de Toulouse), après quoi il a été recruté par le CNRS comme CR2 en 1986. Il a ensuite travaillé sur le transposon Tn7 lors d’un post-doctorat chez  Nancy L. Craig à l’Université de Californie, San Francisco, USA. A son retour en France, Pascal s’est orienté sur la biologie végétale, pour étudier la symbiose Rhizobium-légumineuse. Il a rejoint le groupe de Julie Cullimore au LIPM en 1990 (groupe dont il a été co-responsable de 1997 à 2007). Il y a développé des approches globales visant à identifier des gènes de Medicago truncatula transcriptionnellement activés par Sinorhizobium meliloti ou des facteurs Nod purifiés. Il a ainsi mis en place avec ses collaborateurs une série d’outils de transcriptomique, depuis le séquençage  standard de cDNA, aux approches de differential display analysis, sondes ou librairies soustractives, macro, microarrays et puces ADN ou enfin RNA-seq. Pascal est tout particulièrement intéressé par l’identification et la caractérisation de régulateurs transcriptionnels, actifs lors des stades précoces ou tardifs de la nodulation, ainsi que par les réseaux de gènes qu’ils contrôlent dans le contexte de processus de signalisation, infection et différenciation cellulaire. Pascal a été directeur du LIPM de 2003 à 2010.

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Dr. Joëlle Fournier, CRCN CNRS

Joelle

Pendant sa thèse à l’Université de Toulouse, Joëlle a travaillé sur le rôle des lipoxygénases dans les réponses de défense chez le tabac infecté par l’oomycète Phytophthora parasitica, dans le groupe de Marie-Thérèse Esquerré-Tugayé. Elle a été recrutée dans ce groupe par le CNRS en 1992, pour poursuivre ce travail sur la participation des lipoxygénases et de la voie des oxylipines dans la défense et la résistance des plantes contre les agents pathogènes. En 2005, Joëlle s’est tournée vers l’étude des interactions plantes/micro-organismes symbiotiques dans le groupe de David Barker, dans lequel elle a initié un projet sur la dynamique et les mécanismes cellulaires associés avec les stades initiaux de l’infection de Medicago truncatula par l’endosymbionte fixateur d’azote Sinorhizobium meliloti. L’infection rhizobienne comprend la néo-formation de compartiments apoplastiques appelés les cordons d’infection qui accueillent le micro-symbionte. Joëlle a développé des approches in vivo pour l’étude cinétique de la formation des cordons d’infection dans les poils absorbants racinaires, par  microscopie confocale associée à l’utilisation  de marqueurs fluorescents adressés au RE ou à la membrane plasmique, ainsi que des souches fluorescentes de S. meliloti. Ses travaux actuels sont centrés sur la dynamique de dépôt/modification de matériel pariétal aux sites d’initiation de l’infection, et elle est aussi impliquée dans l’étude de la dynamique spatio-temporelle des nodulines précoces durant la construction de l’interface endosymbiotique.

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Dr. M-Françoise Jardinaud, MCF ENSAT-INPT

Marie-Françoise JARDINAUD

Françoise a réalisé sa thèse de doctorat à l’Ecole Nationale Supérieure d’Agronomie de Toulouse en 1994  dans l’équipe “Biotechnologie et Amélioration des Plantes”  sous la direction des Professeurs A. Souvré et G. Alibert durant laquelle elle a développé de nouvelles méthodes de transformation génétiques de microspores de maïs et de colza. Elle a, par la suite, intégré le CSIRO (Plant Industry, Canberra Australie). De 1994 à 1995, en tant que post-doctorante, elle a participé à l’étude du gène de floraison FLF  d’Arabidopsis thaliana dans l’équipe de Liz Denis. En 1996, elle initia un nouveau programme de recherche financé par  “Australian Rice Growers company” dont le but était d’augmenter la teneur en fer du grain de riz. En 2000, elle a été recrutée par le CIMMYT (El Batan, Mexico DF) en tant que chercheur associée dans le groupe de Jean Marcel Ribaut qui s’intéressait à la tolérance à la sécheresse du maïs. En 2001, elle obtint un poste de maitre de conférence à l’Ecole Nationale Supérieure d’Agronomie de Toulouse. Françoise participa jusqu’en 2005 à  la caractérisation moléculaire du développement embryogénétique du tournesol. Depuis, elle se consacre aux interactions plantes – microorganismes  grâce au modèle d’étude Ralstonia solanacearum et Medicago truncatula. Elle est plus particulièrement intéressée par les inter-relations entre interaction plante-symbionte et plante – pathogène et depuis 2009, après avoir rejoint le groupe de Pascal Gamas et David Barker elle se focalise sur les régulateurs transcriptionnels communs aux deux type d’interactions. 

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Lisa Frances, TCN INRA

Lisa FRANCES

Après un Diplôme Universitaire de Technologie Génie Biologique (Agronomie) à l’IUT de Perpignan en 1999, Lisa a obtenu un Diplôme Universitaire de Responsable en Biotechnologies Végétales (Université Paul Sabatier/Ecole Nationale de Formation Agronomique de Toulouse, 2000). Elle a ensuite travaillé en tant que technicienne au sein des laboratoires de biologie moléculaire des sociétés BIOGEMMA (Clermont-Ferrand) et RAGT GENETIQUE (Rodez). En 2005, Lisa a été recrutée à l’INRA pour prendre en charge le service commun de séquençage du LIPM. Elle a également intégré l’équipe dirigée par D. Barker et P. Gamas et travaille sur le projet de recherche dirigée par Fernanda de Carvalho-Niebel (CR1-CNRS) portant sur la caractérisation fonctionnelle des facteurs de transcription ERN de M. truncatula. Lisa est impliquée dans différents volets de ce projet de recherche, comme par exemple l’étude  de l’activité transcriptionnelle des facteurs ERN (transactivation chez N. benthamiana et M. truncatula), ainsi que la recherche de protéines candidates pouvant interagir avec ces facteurs (approche double hybride chez la levure ou BiFC chez N. benthamiana).

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Agnès Lepage, technicienne CNRS

Agnès a rejoint le CNRS en 1990. Elle a débuté sa carrière au laboratoire de Physiologie cellulaire à Paris ou elle a travaillait sur un vaccin contre le virus VIH. En 1992 elle a rejoint l’Institut Jacques Monod (Paris) ou elle était en charge de la production et de la micro-injection de différentes lignées de cellules animales. Ensuite en 1996, elle a déménagé à  Toulouse pour venir travailler au centre de Biologie du développement (CBD). Dans ce centre elle a pu développer ses connaissances en Biologie et en Cytologie moléculaire en étudiant différents aspects de la Biologie du Développement de la drosophile (Drosophila Melanogaster). En 2007 elle a rejoint le groupe Barker-Gamas au LIPM ou elle étudie le rôle de facteurs de transcription de la famille HAP (CCAAT-box binding factor) au cours de la symbiose Rhizobium-légumineuses sous la direction d’Andreas Niebel.