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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes - LIPM

Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes

Membres - Infection endosymbiotique et développement nodulaire

Dr. Fernanda de Carvalho-Niebel, Directeur de Recherche (CNRS-DR2)

Co-responsable de groupe

Fer2

Fernanda a obtenu son doctorat à l’Université de Gand (Belgique) en 1994 après avoir travaillé dans le groupe Dirk Inzé au laboratoire de Génétique dirigé par Marc Van Montagu. Son travail de thèse a porté sur l’étude de la régulation de gènes de défense de plantes et dans ce contexte elle a découvert et caractérisé un des premiers cas de PTGS (Post-Transcriptional Gene Silencing) chez les plantes. Elle a rejoint le LIPM en 1995, d’abord en tant que chercheur postdoctoral (après obtention de bourses de l’EMBO et de la communauté européenne) et par la suite en tant que chercheur CNRS pour travailler sur la symbiose fixatrice d’azote Medicago-rhizobia. Ses recherches ont particulièrement porté sur l’étude de la signalisation de la plante liée à l’infection endosymbiotique, et dans ce contexte elle a caractérisé des gènes et régulateurs clés de la plante hôte associés à ce processus. Fernanda est actuellement directeur de recherche (DR2) CNRS et depuis 2016 est co-responsable de l’équipe ENOD, dont elle est en charge de l’axe « Infection ». Elle se concentre maintenant sur le contrôle spatio-temporel de l'infection rhizobienne et mène dans ce contexte divers projets de recherche (CROSS, CREPE et Live-Switch) visant à comprendre les mécanismes moléculaires et cellulaires qui sous-tendent ce processus.

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Dr. Andreas Niebel, Directeur de Recherche (CNRS-DR2)

Co-responsable de groupe

Andreas3

Andreas a obtenu son PhD à l’Université de Gand (Belgique) en 1994 dans le Laboratoire de Marc van Montagu sous la direction de Dirk Inzé et Godelieve Gheysen. Au cours de son travail de thèse, il a notamment identifié et caractérisé des gènes de plante tels que le régulateur du cycle cellulaire cdc2a, exprimés dans les cellules géantes induites dans les racines de plantes par des nématodes endoparasitaires. Il est ensuite parti à Toulouse au LIPM afin de travailler sur la symbiose Rhizobium –Légumineuses, grâce à une bourse post-doctorale de l’EMBO puis comme chargé de recherche du CNRS. Andreas a d’abord travaillé sur la perception des facteurs Nod par des approches biochimiques et moléculaires dans le groupe de Julie Cullimore. En 2000, il a alors rejoint le groupe de Pascal Gamas/David Barker ou il a contribué à l’étude du transcriptome symbiotique de Medicago truncatula, notamment pendant les étapes précoces de l’interaction avec la bactérie Sinorhizobium meliloti. Andreas est depuis 2016 co-responsable du groupe ‘Infection endosymbiotique et développement nodulaire' (ENOD) avec Fernanda de Carvalho-Niebel

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Dr. Pascal Gamas, Directeur de Recherche (CNRS-DR1)

Pascal2

Les sept premières années de la carrière scientifique de Pascal ont été consacrées à l’étude des éléments transposables bactériens. Sa thèse a porté sur la séquence d’insertion IS1 (équipe de Michael Chandler, Université de Toulouse), après quoi il a été recruté par le CNRS comme CR2 en 1986. Il a ensuite travaillé sur le transposon Tn7 lors d’un post-doctorat chez Nancy L. Craig à l’Université de Californie, San Francisco, USA. A son retour en France, Pascal s’est orienté sur la biologie végétale, pour étudier la symbiose Rhizobium-légumineuse. Il a rejoint le groupe de Julie Cullimore au LIPM en 1990 (groupe dont il a été co-responsable de 1997 à 2007). Il y a développé des approches globales visant à identifier des gènes de Medicago truncatula transcriptionnellement activés par Sinorhizobium meliloti ou des facteurs Nod purifiés. Il a ainsi mis en place avec ses collaborateurs une série d’outils de transcriptomique, tels que récemment des approches RNA-seq tissus-spécifiques basées sur de la microdissection laser. Pascal est tout particulièrement intéressé par l’identification et la caractérisation de régulateurs transcriptionnels contrôlant les étapes tardives de la nodulation. Il a notamment découvert récemment des régulateurs épigénétiques jouant un rôle clef dans la différentiation nodulaire. Pascal a été directeur du LIPM de 2003 à 2010

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Dr. Joëlle Fournier, Chargée de Recherche (CNRS-CRHC)

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Joëlle a obtenu son doctorat à l’Université de Toulouse, dans le groupe de Marie-Thérèse Esquerré-Tugayé. Son travail portait sur le rôle des lipoxygénases dans les réponses de défense chez le tabac. Elle a été recrutée au CNRS en 1992, pour poursuivre ses recherches sur la participation de la voie des oxylipines dans la défense et la résistance des plantes contre les agents pathogènes. En 2005, Joëlle s’est tournée vers l’étude des interactions plantes/micro-organismes symbiotiques dans le groupe de David Barker au LIPM, et a initié un projet sur la dynamique et les mécanismes cellulaires associés avec les stades initiaux de l’infection de Medicago truncatula par l’endosymbionte fixateur d’azote Sinorhizobium meliloti. L’infection rhizobienne comprend la néo-formation de compartiments apoplastiques appelés les cordons d’infection qui accueillent le micro-symbionte. Joëlle a développé des approches in vivo pour l’étude cinétique de la formation des cordons d’infection dans les poils absorbants racinaires, par microscopie confocale associée à l’utilisation de divers marqueurs fluorescents chez l’hôte ainsi que de souches fluorescentes de S. meliloti. Ses travaux actuels sont centrés sur la dynamique de dépôt/modification de matériel pariétal aux sites d’initiation de l’infection, l’étude de la dynamique spatio-temporelle de protéines symbiotiques durant la construction de l’interface endosymbiotique ainsi que la reprogrammation des rhizobia durant leur enfermement dans les compartiments d’infection de leur hôte.

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Dr. Marie-Françoise Jardinaud, Maître de Conférence (ENSAT-INPT)

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Françoise a réalisé sa thèse de doctorat à l’Ecole Nationale Supérieure d’Agronomie de Toulouse en 1994 dans l’équipe “Biotechnologie et Amélioration des Plantes”  sous la direction des Professeurs A. Souvré et G. Alibert durant laquelle elle a développé de nouvelles méthodes de transformation génétiques de microspores de maïs et de colza. Elle a, par la suite, intégré le CSIRO (Plant Industry, Canberra Australie). De 1994 à 1995, en tant que post-doctorante, elle a participé à l’étude du gène de floraison FLF  d’Arabidopsis thaliana dans l’équipe de Liz Denis. En 1996, elle initia un nouveau programme de recherche financé par  “Australian Rice Growers company” dont le but était d’augmenter la teneur en fer du grain de riz. En 2000, elle a été recrutée par le CIMMYT (El Batan, Mexico DF) en tant que chercheur associée dans le groupe de Jean Marcel Ribaut qui s’intéressait à la tolérance à la sécheresse du maïs. En 2001, elle obtint un poste de maitre de conférence à l’Ecole Nationale Supérieure d’Agronomie de Toulouse. Françoise participa jusqu’en 2005 à la caractérisation moléculaire du développement embryogénétique du tournesol. Depuis, elle se consacre aux interactions plantes – microorganismes  grâce au modèle d’étude Ralstonia solanacearum et Medicago truncatula. Elle est plus particulièrement intéressée par les inter-relations entre interaction plante-symbionte et plante – pathogène et depuis 2009, après avoir rejoint le groupe ENOD elle se focalise sur les régulateurs transcriptionnels communs aux deux type d’interactions. 

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Dr. Marie-Christine Auriac, Ingénieur d’Etude (CNRS-IEHC)

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Dès son doctorat de biologie et physiologie végétale effectué à l’université de Clermont-Ferrand, Marie-Christine Auriac a abordé les diverses problématiques scientifiques auxquelles elle a été associée par une approche de biologie cellulaire et imagerie. Elle a ensuite, lors d’un séjour post-doctoral, apporté ses compétences au laboratoire de biochimie, biologie moléculaire et structurale de l’Université Catholique de Leuven (Belgique), puis a intégré le laboratoire Neurobiologie et Mouvement, unité propre du CNRS à Marseille. Elle a rejoint en 1990 le LIPM où elle a participé à l’étude histo-cytologique du développement nodulaire. De 2003 à 2019 Marie-Christine a travaillé sur les plateformes de microscopie LIPM/FRAIB, et a contribué à divers projets (tel que la visualisation des hydathodes lors des interactions plantes-pathogènes) grâce à sa forte expertise en microscopie électronique et optique. Elle a depuis 2020 rejoint l’équipe ENOD pour intégrer l’axe infection de l’équipe ENOD dirigé par F. de Carvalho-Niebel, où elle contribue à l’étude des réponses cellulaires de Medicago lors de l’infection par rhizobia (projets CROSS & CREPE). Marie-Christine travaille en étroite relation avec diverses plateformes de microscopie-imagerie françaises (y compris la FRAIB de Toulouse) et apporte son expertise à d’autres équipes du LIPM sur projet collaboratif.

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Agnès Lepage, Technicienne (CNRS-TCE)

Agnès a rejoint le CNRS en 1990. Elle a débuté sa carrière au laboratoire de Physiologie cellulaire à Paris ou elle a travaillé sur un vaccin contre le virus VIH. En 1992 elle a rejoint l’Institut Jacques Monod (Paris) où elle était en charge de la production et de la micro-injection de différentes lignées de cellules animales. Ensuite en 1996, elle a déménagé à Toulouse pour venir travailler au centre de Biologie du Développement (CBD). Dans ce centre elle a pu développer ses connaissances en Biologie et en Cytologie moléculaire en étudiant différents aspects de la Biologie du Développement de la drosophile (Drosophila melanogaster). Depuis 2007 elle a rejoint le LIPM pour travailler dans la symbiose fixatrice d’azote et sous la tutelle d’Andreas Niebel dans l’équipe ENOD elle utilise maintenant ces fortes compétences en microscopie, génétique et culture de plantes pour étudier le rôle du facteur de transcription NF-Y pour la formation nodulaire.

Lisa Frances, Technicien (INRAE-TCS)

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Après un Diplôme Universitaire de Technologie Génie Biologique (Agronomie) à l’IUT de Perpignan en 1999, Lisa a obtenu un Diplôme Universitaire de Responsable en Biotechnologies Végétales (Université Paul Sabatier/Ecole Nationale de Formation Agronomique de Toulouse, 2000). Elle a ensuite travaillé en tant que technicienne au sein des laboratoires de biologie moléculaire des sociétés BIOGEMMA (Clermont-Ferrand) et RAGT GENETIQUE (Rodez). Lisa a été recrutée à l'INRAE pour prendre en charge le service commun de séquençage au LIPM et rejoindre l'équipe de J. Vorholt pour ses activités de recherche.  En 2007, elle a rejoint Fernanda de Carvalho-Niebel pour soutenir ses projets de recherche dans l'étude de la symbiose légumineuses-rhizobia. Lisa fait actuellement partie de l'axe "infection" de l'équipe ENOD et sous la supervision de F. de Carvalho-Niebel, contribue à différents projets (Live-Switch, CREPE, CROSS) grâce à ses fortes compétences en biologie moléculaire, culture des plantes et phénotypage des interactions symbiotiques. 

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Dr. Thi Thu Dang, Post-Doc (ANR)

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Thi Thu Dang a fait son doctorat dans le laboratoire de génétique moléculaire des plantes, à l'Institut des Sciences et Technologies de Nara (NAIST, Japon), de 2009 à 2013. Son projet de doctorat consistait à caractériser la forme 'constitutivement active' de OsRac1 (CA-OsRac1), un régulateur principal de l'immunité du riz, générée par recombinaison homologue. De 2015 à 2017, elle a ensuite effectué son premier post-doc dans le laboratoire de signalisation de l'immunité des plantes, au Centre de Shanghai pour la biologie du stress des plantes, en Chine. Là, elle a continué à étudier le régulateur en aval de l'OsRac1, appelé OsGAPC3, qui joue un rôle important dans la voie du NO et la modification des histones. De 2007 à 2020, elle a rejoint l'équipe Conserto, INRAE, à Angers, pour son deuxième post-doctorat. Le projet s'est concentré sur l'identification du réseau de protéines régulant l'ABI4, un facteur de transcription contrôlant la teneur en chlorophylle des graines et leur longévité. Depuis octobre 2020, Thu a rejoint le groupe ENOD pour travailler sur le projet ANR "PIOSYM" visant à évaluer l’importance de NF-YA1 en tant que facteur pionnier régulant la formation des nodules symbiotiques de Medicago.

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