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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes - LIPM

Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes

Membres - Ralstonia, adaptation et pathogénicité

Dr Stephane Genin, HDR, DR1 CNRS

Stéphane GENIN

Après un cursus en Génétique à l'Université de Lyon, j'ai obtenu un doctorat de l'Université Paris XI-Orsay en 1993. J'ai ensuite réalisé un stage post-doctoral de deux ans au Département de Génétique de l'Université de Munich dans le laboratoire du Prof. Regine Kahmann. Je suis arrivé au LIPME en 1989 où j'ai travaillé avec Christian Boucher sur plusieurs aspects du pouvoir pathogène de Ralstonia solanacearum. J'ai été recruté au CNRS en 1995 et je dirige le groupe de recherche sur R. solanacearum depuis 2005.

Mes publications via ORCID.

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Dr Nemo Peeters, HDR, DR2 INRAE

Nemo Peeters

Après des études de biologie à Montpellier, J’ai obtenu une thèse en Physiologie cellulaire et moléculaire de la cellule végétale de l’Université de Paris XI, Orsay, sous l’encadrement de Ian Small, à l’INRAE de Versailles. J’ai ensuite effectue un postdoc à l’Université de Cornell, Ithaca, NY sous la responsabilité de Prof. Maureen Hanson ou j’ai étudié l’édition des ARNm des organelles des plantes. En 2002, j’ai été recruté dans l’équipe de Stéphane Genin ou depuis lors j’étudie la contribution des effecteurs de type III, au pouvoir pathogène de la bactérie Ralstonia solanacearum. J'ai obtenu mon HDR en 2007 et je suis Directeur de Recherche à l’INRAE depuis décembre 2015.

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Dr Alice Guidot, HDR, CRCN INRAE

Alice GUIDOT

Après un cursus de biologie à l’Université Lyon 1, j’ai passé ma thèse dans le Laboratoire d’Ecologie Microbienne de Lyon où j’ai étudié la génétique des populations du champignon ectomycorhizien Hebeloma cylindrosporum. En 2001-2003, j’ai fait un premier post-doc sur la génétique des populations de champignons dans le Laboratoire de Mycologie et Pathologie Forestière à l’Université d’Uppsala en Suède. En 2004-2007, j’ai fait un deuxième post-doc au CIRAD de l’île de la Réunion où j’ai étudié le rôle des transferts horizontaux de gènes dans l’évolution de la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum. En 2008, j’ai rejoint le groupe de Stéphane Genin pour développer un projet d’évolution expérimentale avec R. solanacearum. L’objectif principal de ce projet était d’identifier les bases moléculaires de l’adaptation aux plantes. L’analyse génomique des clones évolués expérimentalement et montrant des traits adaptatifs sur plante m’a permis d’identifier un gène régulateur essentiel à la fitness de la bactérie in planta. Aujourd’hui, je travaille sur l’importance des modifications épigénétiques dans les génomes bactériens pour l’adaptation à l’hôte avec un chercheur post-doctoral, Rekha Gopalan-Nair. 

Mes publications via ORCID.

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Dr Caroline Baroukh, CRCN INRAE

Caroline Baroukh

Après l’obtention d’un diplôme de l’Ecole Centrale de Lyon et d’un MSc de l’Imperial College de Londres en 2010, j’ai effectué ma thèse au Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement à Narbonne (INRAE). Mon sujet consistait à développer une nouvelle approche de modélisation métabolique afin de comprendre le métabolisme de microalgues soumises à différents régimes trophiques. J’ai ensuite effectué un postdoctorat au laboratoire de Physiologie et Biotechnologie des Algues (IFREMER) où j’ai reconstruit le réseau métabolique cœur de Tisochrysis lutea ainsi que mené des expérimentations qui ont permis de vérifier les prédictions de mes modèles de thèse. J’ai également effectué un postdoctorat dans l’équipe du Pr Chachuat au département d’ingénierie chimique de l’Imperial College de Londres, où j’ai développé de nouvelles approches de modélisation reposant sur les outils d’optimisation mathématique. En 2016, j’ai rejoint le groupe pour développer et mettre en œuvre des approches de biologie des systèmes visant à étudier finement le lien étroit entre métabolisme et virulence, et d’entamer une modélisation de la dynamique infectieuse du pathogène.

Mes publications via ORCID.

Sur un plan non-professionnel, un de mes passe-temps préféré est la tenue d’un blog de cuisine et de pâtisserie.

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Xavier Barlet, IEHC CNRS

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Après un Master en biologie végétale de l’ Université Denis Diderot – Paris 7 en 1997, j’ai travaillé deux ans sur les interactions plantes oomycètes (Hyaloperonospora arabidopsidis) à l'INRAE d'Antibes sous la direction de H. Keller. J’ai ensuite été recruté au CNRS en 2001 sur une plate-forme de génomique humaine à Villejuif avant de rejoindre le LIPME en 2005 pour travailler sur la sensibilité des plantes à Ralstonia solanacearum. J’ai participé à différents programme d’analyses de  microarrays et à la caractérisation de mutants présentant une tolérance accrue à Rs. J’ai intégré l’équipe de Stéphane Genin en juillet 2014. Je suis responsable des installations de quarantaine (NSB2) pour la manipulation de Rs au LIPME.

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Isabelle Mila, AI INRAE

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Après une licence professionnelle en biotechnologie à l’Université Paul Sabatier, j’ai été recrutée en 1992 au laboratoire de Chimie Biologique, UMR INRAE-AgroParisTech à Grignon, dans l’équipe Polyphénols comme Technicienne de Recherche. En parallèle, j’ai suivi les cours du CNAM et j'ai validé un diplôme d’Ingénieur en Biochimie des Industries Agro-Alimentaires. Puis j'ai obtenu le concours d’Assistant Ingénieur en 1998. En 2002, j’ai rejoint par mobilité l’UMR INRAE-Ensat Génomique et Biotechnologie des Fruits à Auzeville. Là-bas, j’étais en charge du système expérimental « single cell » qui permet une approche fonctionnelle des interactions protéines/ADN et protéines/protéines impliquées dans la régulation de l’expression de gènes cibles, sur le modèle tomate. Depuis septembre 2020, j’ai rejoint le LIPME dans l’équipe « Ralstonia, Adaptation et Pathogénie », dans laquelle je renforce la thématique d’étude des cibles de virulence de la bactérie pathogène Ralstonia solanacearum chez la tomate, pour 75% de mon temps. Les 25 % du temps restant seront dédiés à contribuer à la communication du LIPME, en concertation avec les agents s’occupant de communication au sein de l’unité et avec la direction de l’unité.

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Patrick Barberis, AI INRAE

Patrick BARBERIS

Patrick à été recruté à l'Institut National de la Recherche Agronomique (INRAE) en 1982. Il a depuis été impliqué dans plusieurs projets de recherche sur les déterminants moléculaires du pouvoir pathogène de R. solanacearum. Il participe actuellement au projet Effecteurs, plus spécifiquement sur la génération et la caractérisation de mutants.

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Rekha Gopalan-Nair, Postdoctorante

Rekha Gopalan Nair

J'ai effectué mon stage de recherche M2 à l'université de Skӧvde, en Suède (2016). En 2017, j'ai rejoins le LIPME pour un doctorat, financé par le LabEx TULIP. Mon projet de thèse consistait à comprendre "les déterminants moléculaires de l'adaptation à l'hôte chez le pathogène de plante Ralstoniasolanacearum lors d'une évolution expérimentale", et était encadré par Alice Guidot. Depuis l'obtention de mon diplôme de thèse, je continue de travailler sur le même projet en temps que postdoctorante, depuis décembre 2020. Je travaille avec Alice Guidot et Stéphane Genin, et j'espère identifier l'impact de modifications épigénétiques telles que la méthylation de l'ADN à l'adaptation à l'hôte au cours d'une évolution expérimentale.

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David Landry, Thèse Université de Toulouse, école doctorale SEVAB 2018-2021

David Landry

J’ai obtenu en 2016 à l’Université de Poitiers un Master spécialisé en Biologie Végétale. Au cours de ce cursus, j’ai réalisé mon stage de fin d’études dans le laboratoire EBI – équipe SEVE à Poitiers afin d’étudier l’implication des transporteurs de sucres dans le cadre d’une interaction tripartite mettant en jeu les partenaires suivants : Arabidopsis thalianaPseudomonas fluorescens WSC417r – Botrytis cinerea. J’ai ensuite été recruté en tant qu’ingénieur d’étude au LIPME. J’ai étudié les domaines « leurres » intégrés dans les protéines R de différentes espèces de plantes afin de démontrer leur interaction putative avec des « cores » effecteurs de Ralstonia solanaceaum. En 2018, j’ai obtenu mon concours de thèse SEVAB ce qui m’a permis de débuter une thèse sous l’encadrement de Nemo PEETERS et Laurent DESLANDES. L’objectif de mes travaux est d’identifier la ou les protéines de résistance qui reconnaissent l’effecteur RipAA délivré par l’agent pathogène Ralstonia solanacearum chez l’espèce modèle de plante Nicotiana benthamiana.

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Léo Gerlin, Thèse Université de Toulouse, école doctorale SEVAB 2018-2021

Leo Gerlin

J’ai obtenu mon diplôme d’ingénieur de l’INSA Toulouse, spécialité Génie Biologique, en 2018. La même année, j’ai effectué mon stage de fin d’étude dans l’équipe de Stéphane Genin, encadré par Caroline Baroukh et Ludovic Cottret. Mon projet a consisté à reconstruire et analyser le réseau métabolique de la bactérie Xylella fastidiosa. Grâce à un financement MESR (Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche), je réalise depuis octobre 2018 une thèse encadrée par Stéphane Genin et Caroline Baroukh. Dans ce cadre, je vais développer un modèle métabolique de l’interaction Ralstonia solanacearum – tomate.

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